Projekt výstavby kostela vytvořil architekt Jan Blažej Santini - Aichel (1677 - 1723) mezi koncem dubna a začátkem srpna 1719. Zadavatelem stavby kostela byl opat žďárského kláštera Václav Vejmluva (1670 - 1738). Realizace projektu započala již 13. srpna 1719. Původní Santiniho dochované plány kostela se od realizace poněkud liší. Základní kámen byl vysvěcen již v rozestavěné stavbě 16. května 1720. V roce 1721 byl blahořečen Jan Nepomucký a žďárský opat Václav Vejmluva získal vzácnou relikvii - kůstku, k níž byl přirostlý mučedníkův jazyk. S tím souvisí i změna výzdoby klenby, kde měla být dle původních plánů Santiniho pouze deseticípá hvězda, k níž přibyla plastika jazyka v plamenech. V témže roce byla provedena hrubá stavba kostela a v roce 1722 byla stavba dokončena. Kostel byl vysvěcen olomouckým biskupem 27. září 1722, pouhý týden po dokončení zednických prací.
Barokní kamenný most ze žulových kvádrů přes Stržský potok mezi Konventním a Bránským rybníkem byl postaven v první polovině 18. století jižně od kláštera, jako hlavní přístup ke klášteru. V roce 1761 ho nechal vyzdobit sochami osmi světců opat žďárského kláštera Bernard Hennet (1699 - 1770), nástupce opata Václava Vejmluvy (1670 - 1738). Výzdoba byla inspirována barokní výzdobou Karlova mostu v Praze. Velkou roli zde hrála svatojánská myšlenka. Sloup s postavou sv. Jana Nepomuckého stál již od roku 1701 jižně od mostu (na stejném místě je dodnes). U každé sochy světce je na vysokém podstavci komentář objasňující volbu jednotlivých postav.
Historie dnešního města Žďáru nad Sázavou je úzce spjata se založením a vývojem zdejšího cisterciáckého kláštera. Založení inicioval otec svaté Zdislavy, Přibyslav z Křižanova, ale až jeho zeťové, Boček z Obřan a Smil z Lichtenburka jeho úmysl uskutečnili. Za tímto účelem pozvali v roce 1252 z Nepomuku skupinu cisterciáckých mnichů, kterým na výstavbu kláštera darovali pozemky a v dědictví odkázali část svých majetků.